buffer选择的重要性-微管染色
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2008/05/21 23:29 | by molezz ]
2008/05/21 23:29 | by molezz ]
前一阵子总算把一直做不出来的微管染色搞定了一些,最后还是buffer的选择决定成败,和当时的微丝的染色一样.参考了多篇文献后,最后New Techniques Enable Comparative Analysis of Microtubule Orientation, Wall Texture, and Growth Rate in Intact Roots of Arabidopsis这篇文献中的buffer和方法很好的起了作用,虽然他是用拟南芥为材料,不过在我的材料中也能工作.
不过微管的染色终究比微丝复杂,在一抗二抗这些方面就要花好多时间,现在看来一抗和二抗都过夜比较好,有次按照方法二抗没过夜,反而效果不好.
现在碰到的问题是这一方法仍然有局限性,只在根部的一部分能够染上,而根尖部分没有信号,我估计仍然是渗透不好.想到要推广应用至叶和茎尝试,估计也会碰到这个问题,到时试了再说吧.
最近打算把根部细胞同时进行微管和微丝的染色.看是否能看到两者之间联系的信号.不过一抗和二抗不多了,由于微丝染剂用的进口的molecular probe公司的,打算不知道能否微管的染剂也订些进口的.
引用
Whole seedlings were fixed in 1.5% (v/v) formaldehyde and 0.5% (v/v) glutaraldehyde made up in PEMT buffer(50 mm PIPES, 2 mm EGTA, 2 mm MgSO4, 0.05% [v/v] Triton X-100, pH 7.2) for 40 min and rinsed in PEMT buffer three times for 10 min. They were subsequently digested with 0.05% (w/v) Pectolyase Y-23 (Kikkoman) in PEM buffer (50 mm PIPES, 2 mm EGTA, 2 mm MgSO4) with 0.4m mannitol for 20 min, rinsed in PEM buffer three times,
treated with 220°C methanol for 10 min, and rehydrated in phosphate-buffered saline (PBS) for 10 min. Autofluorescence caused by free aldehydes from glutaraldehyde fixation
was reduced with 1 mg mL21 NaBH4 in PBS for 20min, followed by the treatment with 50 mm Gly in PBS(incubation buffer) for 30 min. Seedlings were incubated with primary antibodies against tubulin at room temperature overnight, rinsed in incubation buffer three times for 10 min, and secondary antibodies applied for 3 h at 37°C.After rinsing in PBS three times, root tips were cut off from the rest of seedlings, and mounted in 0.1% (w/v) paraphenylene diamine in 1:1 PBS-glycerol, pH 9. Cut cover glasses were used to space slide and cover glasses so as to avoid crushing delicate root tips.
treated with 220°C methanol for 10 min, and rehydrated in phosphate-buffered saline (PBS) for 10 min. Autofluorescence caused by free aldehydes from glutaraldehyde fixation
was reduced with 1 mg mL21 NaBH4 in PBS for 20min, followed by the treatment with 50 mm Gly in PBS(incubation buffer) for 30 min. Seedlings were incubated with primary antibodies against tubulin at room temperature overnight, rinsed in incubation buffer three times for 10 min, and secondary antibodies applied for 3 h at 37°C.After rinsing in PBS three times, root tips were cut off from the rest of seedlings, and mounted in 0.1% (w/v) paraphenylene diamine in 1:1 PBS-glycerol, pH 9. Cut cover glasses were used to space slide and cover glasses so as to avoid crushing delicate root tips.
我所使用的firefox插件
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2006/09/20 19:46 | by molezz ]
2006/09/20 19:46 | by molezz ]
用firefox很久了,期间装了很多插件,也删了很多,现在基本稳定了,列举一下,也算是备份一下吧.Adblock:主要用来屏蔽一些不想看的广告,也能节约浏览网页时间.
All-in-One Gestures:实现鼠标手势,方便浏览
FlashGot:实现使用flashget下载文件
Google Calendar Notifier:方便浏览google calendar,不过现在基本在用google的个性主页,添加了google calendar,所以也不太用了.
google notebook:用于在浏览网页时想随手记下的东西,还是比较方便的,不过是google出的插件
IE Tab:用于浏览不支持firefox的网站网页.
Tab Mix Plus:使firefox的标签定制性更强,适合自己的使用习惯.
Greasemonkey:使firefox拥有更多的定制性功能,我主要用来屏蔽google adsense和使用google快照,当然网上有更多的脚本来应用于其他方面,也可以自己写脚本.
以上这些是我现在使用的firefox插件,当然有些插件以前也用,如gmail space等,不过由于另外一些功能的出现,就不再使用了,现在一些也是如google calendar插件使用的比较少了,没准过些时候就不用了.同样,也会开始使用新的方便的插件.
[插件]badgr----用于flickr的小工具
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2006/08/17 16:39 | by molezz ]
2006/08/17 16:39 | by molezz ]
今天下午闲来无事,将bo-blog升了一下级.另外由于巴巴变的速度比较慢,稳定性最近好像也不行,所以又改回使用flickr.所以又开始关注一些flickr相关的使用工具.先是关注了一下侧边栏的照片显示效果,总感觉flickr自带的功能比较弱.于是google了相关的flickr选项,总算在mentalaxis找到一个合我胃口的flickr插件--badgr.于是倒腾了一会就用上了,而且有很多相关选项可以修改以符合不同的网站配色.浏览这个网站发现收集了很多用于flickr的插件,于是打算有空时在里面找一个能用于flickr的大一点的相册程序,不过暂时觉得使用flickr的web界面的相册也还是很方便的,毕竟没有太多时间去专门整理分类,还是就使用一个侧边栏吧.
虽然flickr是国外的,不过我这访问起来确实比巴巴变快,而且国内的巴巴变虽然模仿flickr,但是毕竟开始时间很短,稳定性感觉还不行,相关插件开发也少,不过空间流量倒是很大,有100M,所以打算等稳定了再使用.
小巧简洁的wiki程序dokuwiki
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2006/06/12 01:30 | by molezz ]
2006/06/12 01:30 | by molezz ]
最近突然对于wiki比较感兴趣,然后留意了一下相关的程序,在SourceForge上看了看,相关程序不少,最著名的自然是mediawiki,不过没有安装成功,后来留意到dokuwiki.这是个比较小巧的wiki程序,无需数据库支持,有利有弊吧.想当初刚blog时也是text形式的,最后程序升级成mysql的.现在用用dokuwiki也不错,而且似乎还有ajax的影子,感觉很不错.弄了一下现在就差中文搜索问题了,其他基本已经搞定.看到台湾的站点都支持中文单词的搜索,但是google了半天没有找到解决的办法.不过暂时应该影响不大,大不了先用google的搜索功能.
用wiki来整理所学的生物知识不错.小巧,定制性高.而且很重要的一点是支持团队写作,当然这只是我的理想状态,一个人做实验,没有团队确实效率很低的.比较好的应该是一个实验小组,有实验,有讨论,有收获.
Alexa Fluor 488染色法(翻译)
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2006/06/06 01:31 | by molezz ]
2006/06/06 01:31 | by molezz ]
用下来感觉这个方法比较简便和快速.文献是染烟草,不过glycerol的浓度我用在水稻中也行.
每200ul的actin buffer(100mM PIPES, 10mM EGTA, 5mM MgSO4 and 0·3 M mannitol,pH 6·9)中加4ul的glycerol,5ul的Alexa Fluor 488,混匀,染色35min(即终浓度2%的glycerol,1u的Alexa Fluor 488).
每200ul的actin buffer(100mM PIPES, 10mM EGTA, 5mM MgSO4 and 0·3 M mannitol,pH 6·9)中加4ul的glycerol,5ul的Alexa Fluor 488,混匀,染色35min(即终浓度2%的glycerol,1u的Alexa Fluor 488).
引用
actin buffer (100mM PIPES, 10mM EGTA, 5mM MgSO4 and 0·3 M mannitol,pH 6·9), containing 2% (w/v) glycerol (1,2,3-propane-triol,99% pure, UCB) and 0·198 mM RLP (rhodamine-labelled phalloidin, Molecular Probes, stock dissolved in methanol).To avoid plasmolysis, the glycerol concentration has to be adapted to the cell type used. For staining the tobacco cells it was brought to 1% (w/v). Actin labelling was observed after 35 min and was further evaluated with time.
OLYSLAEGERS, Improved staining of F-actin and co-localization of mitochondria in plant cells. Journal of Microscopy, Vol. 192, Pt 1, October 1998, pp. 73–77., 1998.
OLYSLAEGERS, Improved staining of F-actin and co-localization of mitochondria in plant cells. Journal of Microscopy, Vol. 192, Pt 1, October 1998, pp. 73–77., 1998.
喜欢吃豆腐。晚上翻来覆去睡不着,可能是由于长假时差的问题吧。于是索性打开床头灯看村上的随笔,看到他一连写了4篇关于豆腐的随笔,居然某些地方和我的生活不谋而合。
如果说小说中的共鸣有可能是作者刻意谋划的话,随笔的这种可能性应该小很多吧。村上喜欢吃豆腐,甚至喜欢什么调味料,如葱、姜都一概省略的白豆腐。我与他居然有同样的癖好,不过在家中父母总喜欢加点调味料于整块豆腐中央,于是在饭桌上我总是赶在他们动手拌之前将周围的白豆腐一块块吃掉。
常与我一起吃饭的同学都抱怨我的这一怪癖--出去点菜时若轮到我点,总是点豆腐,而不出意外的话,即前面没人点,我总是点脆皮豆腐。其原因也很简单,想吃到更好吃的脆皮豆腐。五年前高考时,由于考点离家较远,所以住在小旅店迎考。吃饭自然也不得不下馆子,那时在路边一家小店吃到了迄今最好吃的脆皮豆腐。
之后虽然在外吃饭轮到我点时必点脆皮豆腐,但不是皮太后,就是里面炸得太老,美味不复啊。
但是势必还是要点下去吧。
基因启动子在线预测工具-NNPP
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2006/02/14 22:28 | by molezz ]
2006/02/14 22:28 | by molezz ]
由于启动子那一段始终扩增不出来,所以想自己尝试接触一下预测这一方面.于是在google上搜索,找到一个启动子预测的工具NNPP-Neural Network Promoter Prediction,虽然这是主要用于果蝇和人类的,但是也提供原核的预测,有相应选项选择,网站也有相关参数和准确度的介绍.感觉还是很有用的,可以用来作为参考.
网址:http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
网址:http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
侧边栏随机显示flickr图片代码
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2006/02/07 22:39 | by molezz ]
2006/02/07 22:39 | by molezz ]
bo-blog的侧边模块真是非常好用,由于能直接识别代码,所以不需要插件就能自己把很多功能实现在侧边栏上,上次实现了POQUE显示flickr图片显示生物相关图片的功能,今天将flickr随机显示图片的功能研究了一下.主要参考了《通过CSS定义控制Flickr的显示效果》这篇blog.由于Flickr Badge生成的代码只有三种图片尺寸,对我的侧边栏来说不是大就是小,所以就需要一个额外的代码来修改图片大小.
一款不错的php相册程序MG2
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2006/01/24 02:55 | by molezz ]
2006/01/24 02:55 | by molezz ]
由于新版的bo-blog不再含有相册功能,而flickr的相册毕竟位于国外,浏览起来比较慢,而且分类方面不方便修改,有限制.所以最近在找一些不需要mysql的php程序(mysql空间好贵),而php有免费的,呵呵.
最近偶尔在steven的blog看到了一个简洁清爽的开源相册程序-MG2,下载用了一下,真是不错,而且可以去官方下载一些皮肤和插件,虽然有中文包,居然乱码,不过反正英文界面很简单,一看就懂,操作也很方便,所以在这里推荐一下,希望对于有此需求的人有所帮助.另外还有一个特色,它能直接读取展示照片拍摄时的信息,如拍摄相机型号,时间,光圈等等
总结:
程序官网:http://www.minigal.dk
我的演示:http://molezz.3j2.net
另外有两款国内的免费php空间,虽然比较小,总比没有好.
10M php http://www.512j.com
20M php http://www.3j2.net
最近偶尔在steven的blog看到了一个简洁清爽的开源相册程序-MG2,下载用了一下,真是不错,而且可以去官方下载一些皮肤和插件,虽然有中文包,居然乱码,不过反正英文界面很简单,一看就懂,操作也很方便,所以在这里推荐一下,希望对于有此需求的人有所帮助.另外还有一个特色,它能直接读取展示照片拍摄时的信息,如拍摄相机型号,时间,光圈等等
总结:程序官网:http://www.minigal.dk
我的演示:http://molezz.3j2.net
另外有两款国内的免费php空间,虽然比较小,总比没有好.
10M php http://www.512j.com
20M php http://www.3j2.net
[方法]一种简易根部固定观察法
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2006/01/12 02:17 | by molezz ]
2006/01/12 02:17 | by molezz ]
For observation of whole mounts, both stained and unstained roots were transferred to small Petri dishes containing 0.24 N HCl in 20% methanol and incubated on a 57°C heat block for 15 minutes. This solution was replaced with 7% NaOH, 7% hydroxylamine- HCl in 60% ethanol for 15 minutes at room temperature. (The hydroxylamine can be omitted(省略) with no decrease in effective clearing). Roots were then rehydrated for 5 minutes each in 40%, 20% and 10% ethanol, and infiltrated for 15 minutes in 5% ethanol, 25% glycerol. Roots were mounted in 50% glycerol on glass microscope slides. 1.将根放入含有0.24N HCl,20%甲醇的培养皿中57度静置15分钟(1N HCl=1M HCl).
2.将根转入含有7%NaOH,7%盐酸羟胺,60%乙醇的溶液中室温静置15分钟.
3.将根依次放入40%乙醇,20%乙醇,10%乙醇,每步5分钟
4.将根依次放入5%乙醇,25%甘油,每步15分钟.
5.最后将根置于50%甘油中,于载玻片上观察.




