今天在看文献时见里面用这个方法来做alignment，其主要特点是在少于30％相似性时，比clustalw更加准确，原话是这样的：

可以下载或是使用在线的server进行比对，速度确实比较慢一些，不过输出的结果很详细，格式也很完整，可以用于其他软件的进一步分析。T-coffee的官网上有具体介绍和使用方法。关于这个软件的文章则是2000年就发表了，官网上还有介绍另一个3DCoffee软件，不过没有具体用过。

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